Nella saga Extremis, scritta da Warren Ellis, Tony sta lavorando per migliorare la velocità di risposta dell'armatura agli impulsi nervosi, quando gli viene richiesto di rintracciare Mallen, un terrorista che aveva inghiottito il potentissimo virus tecno-organico chiamato "Extremis". Questo virus fa diventare Mallen una specie di arma vivente semi-indistruttibile, e incomincia ad eliminare molte persone. Dopo aver tentato di ucciderlo andando quasi incontro alla morte, Tony stesso ingerisce, per salvare la propria vita, una versione modificata dello stesso virus che si fonde con l'armatura e si integra con il suo sistema biologico, e così riesce ad eliminare Mallen.